La Sección de Educación Secundaria cuenta con aulas grandes y luminosas. Los alumnos tienen a su disposición ordenadores personales, pizarras interactivas, cámaras digitales, juegos programables, herramientas de robótica, instrumentos musicales y una amplia gama de juegos que fomentan el desarrollo físico y de materiales para el juego imaginativo.
Los profesores del Colegio MIT se esfuerzan con un excelente trabajo para conseguir que esta labor en la Educación Secundaria suponga una aventura divertida, satisfactoria, valiosa e inolvidable. Cada día supone para los jóvenes la oportunidad de experimentar en todas las áreas del plan de estudios, bilingüe (autorizado por la Junta de Andalucía) a través de actividades planificadas cuidadosamente y apropiadas para su edad.
La Escuela Secundaria ofrece ya las pautas a seguir por los alumnos en su futuro profesional, al tener que elegir en 4º de ESO la opción adecuada a sus aspiraciones, contando con las optativas de Latín, Biología, Física y Química en el último curso de esta etapa.